Dina perang, musuh utamana nyoba ngancurkeun fasilitas militér: airfields, unit militér, depot amunisi. Dina Atomic Fighter 2D, anjeun bakal ngontrol jet tempur pikeun ngajagi langit di luhur pangkalan militer. Skuadron pesawat serangan musuh sareng pengebom parantos ngadeukeutan éta. Tugas anjeun nyaéta pikeun nahan pertahanan sareng aktip nyerang musuh sapanjang sadayana payun. Pindahkeun bajoang ka kenca atanapi ka katuhu, ngajauhan cangkang nuju pesawat musuh ngalayang sareng nyerang sareng nembak diri anjeun, ngancurkeun pesawat hiji-hiji. Kumpulkeun rupa-rupa bonus dina laleur, aranjeunna bakal ngabantosan anjeun ngatasi sajumlah ageung musuh anu maju dina Atomic Fighter 2D.