Ninja nembé wangsul ti jalan-jalan sareng mutuskeun nganjang ka biara asli na, dimana anjeunna diajar sareng guru karesepna, anu masihan anjeunna seueur pangaweruh sareng ngajar anjeunna kumaha ngontrol awak sareng sumangetna. Anjeunna mendakan para bhikkhu dina kasangsaraan sareng frustasi anu ageung. Poé sateuacanna, samurai beureum nyerang biara sareng maok kumpulan batu kuno sareng rune. Ieu mangrupikeun batu suci anu disimpen di biara salami mangabad-abad. Pahlawan urang sumpah pikeun mulangkeun sadayana anu dipaling sareng langsung angkat dina perjalananna. Ngabantosan pahlawan dina Ninja Run ngalaksanakeun misi sucina. Ninja bakal ngajalankeun, jeung anjeun bakal mantuan manéhna luncat ngaliwatan halangan jeung leuwih musuh dina waktu, ngumpulkeun batu.
